La secuenciación profunda revela amplias mutaciones específicas de subtipo de resistencia al VHC asociadas con el fracaso del tratamiento

Resumen

Un porcentaje de pacientes infectados con el virus de la hepatitis C (VHC) fracasan en los regímenes de tratamiento basados ​​en antivirales de acción directa (AADs), a menudo debido a las sustituciones asociadas a la resistencia a los medicamentos (RAS). El objetivo de este estudio fue caracterizar el perfil de resistencia de una gran cohorte de pacientes que fracasaron en los tratamientos basados ​​en AADs e investigar la relación entre el subtipo de VHC y el fracaso, como una ayuda para optimizar el manejo de estos pacientes.

Se diseñó y aplicó un nuevo protocolo de prueba estandarizado de VHC-RAS basado en secuenciación profunda a 220 muestras previamente subtipadas de pacientes que no recibían tratamiento con AADs, recolectadas en 39 hospitales españoles. La mayoría había recibido regímenes libres de α de interferón (IFN) basados ​​en AADs. El 79% había fallado la terapia que contenía sofosbuvir. Las regiones genómicas que codifican la proteína no estructural (NS) 3, NS5A y NS5B (regiones objetivo AADs) se analizaron usando cebadores específicos de subtipo.

La distribución del subtipo viral fue la siguiente: genotipo (G) 1, 62,7%; G3a, 21,4%; G4d, 12,3%; G2, 1,8%; e infecciones mixtas 1,8%. En general, el 88,6% de los pacientes portaban al menos 1 RAS, y el 19% portaban RAS a frecuencias inferiores al 20% en el espectro mutante. No hubo diferencias en la selección de RAS entre tratamientos con y sin ribavirina. Independientemente del tratamiento recibido, cada subtipo de VHC mostró tipos específicos de RAS. Es de destacar que no se detectaron RAS en las proteínas objetivo del 18,6% de los pacientes que fallaron el tratamiento, y el 30,4% de los pacientes tenían RAS en proteínas que no eran objetivos de los inhibidores que recibieron.

Los pacientes con VHC que fallaron en la terapia con AADs mostraron una gran diversidad de RAS. El uso de ribavirina no influyó en el tipo o número de RAS en el fracaso. El patrón específico de subtipo de emergencia de RAS subraya la importancia de un subtipo de VHC preciso. La frecuencia de RAS “extra-objetivo” sugiere la necesidad de una detección de RAS en las tres regiones objetivo de AADs.

Introducción

La infección crónica por el virus de la hepatitis C (VHC) es la principal causa de morbilidad y mortalidad relacionadas con el hígado en todo el mundo. En España, se estima que el 0,5% de la población tiene infección activa por el VHC (ARN del VHC en plasma), y el 1,1% tiene anticuerpos contra el VHC. La Asamblea General de las Naciones Unidas ha adoptado una resolución para combatir las 5 hepatitis virales, con un enfoque particular en el VHB y el VHC (Polaris Observatory HCV Collaborators, 2017; Asamblea General de las Naciones Unidas, 2017). De acuerdo con este esfuerzo, el Sistema Nacional de Salud español aprobó el Plan Estratégico para Combatir la Hepatitis C (PEAHC, Plan Estratégico Nacional Contra la Hepatitis C) en marzo de 2015, “para mejorar la prevención, el diagnóstico, el tratamiento y seguimiento de pacientes infectados por el VHC” (Ministerio de Salud, Servicios Sociales e Igualdad, 2018). Según datos actualizados del Ministerio de Salud español, alrededor de 130.000 pacientes con VHC crónicos han sido tratados con regímenes basados ​​en antivirales de acción directa (AADs) dentro del Plan. Entre ellos, el 95,5% ha logrado la cura virológica, mientras que el 4,5% ha fallado en el tratamiento con AADs y está bajo consideración para el retratamiento (Ministerio de Salud, Servicios Sociales e Igualdad, 2019).

El fracaso del tratamiento se ha asociado con la selección de sustituciones asociadas a la resistencia (RAS) en el genoma viral que confieren susceptibilidad disminuida a los AAD, generan resistencia cruzada con otros inhibidores de la misma clase y hacen que los tratamientos de rescate sean más costosos y difusos (Buti et al., 2015; Dietz et al., 2018; EASL, 2018; Lontok et al., 2015; Sarrazin, 2016; Vermehren y Sarrazin, 2012; Kanda et al., 2017; Sorbo et al., 2018). Las estrategias de retratamiento se ven particularmente obstaculizadas en casos de resistencia a múltiples fármacos, lo que desafía la posibilidad de cambiar la clase de AADs.

Después del fracaso del tratamiento, el RAS en la proteína no estructural (NS) 3 a menudo se vuelve indetectable en los meses posteriores a la interrupción del tratamiento, mientras que el NS5A RAS puede persistir durante años (Sarrazin, 2016). El NS5A RAS tiene un impacto negativo en el resultado del retratamiento en pacientes con experiencia en inhibidores de NS5A (Lawitz et al., 2015; Sarrazin et al., 2016) y otros RAS emergentes en la población viral también pueden tener un efecto nocivo. Por lo tanto, las pautas actuales establecen que las pruebas de resistencia pueden ser útiles para guiar el retratamiento en fallos con AADs de acuerdo con el perfil de resistencia observado (EASL, 2018; AASLD, 2017). El RAS se puede detectar en muestras clínicas usando secuenciación de población (Sanger) o secuenciación profunda con técnicas de próxima generación.

En un estudio reciente que incluyó a 626 pacientes europeos con experiencia en AADs, los RAS más importantes asociados con el fracaso del tratamiento se detectaron en los subtipos de genotipo (G) 1, G1a y G1b, y en G2, G3 y G4 (Dietz et al., 2018). En otro estudio, Di Maio et al. investigó a 200 pacientes que no respondieron con infección por G1a, G1b, G1g, G2c, G3a y G4, e identificó RAS extra-objetivo en el 9% de las muestras. Un notable 57,1% de los que no respondieron tenían un genotipo mal clasificado (Di Maio et al., 2017). Si bien estos estudios proporcionan información valiosa, se realizaron mediante la secuenciación de Sanger, que tiene una sensibilidad relativamente baja: RAS (observado como picos mixtos) debe estar presente en frecuencias de al menos 15%-20% en la población viral. Esto puede ser una limitación para planificar las opciones de retratamiento, ya que se ha demostrado que incluso los RAS presentes en frecuencias inferiores al 15% pueden seleccionarse y emerger como variantes mayoritarias después del tratamiento (Perales et al., 2018).

El trabajo previo ha demostrado que se debe alcanzar una cobertura mínima de 10.000 lecturas (secuencias) por amplicón para identificar mutantes minoritarios presentes como al menos el 1% de la población viral (Gregori et al., 2013). La secuenciación de próxima generación (NGS) tiene la capacidad de determinar si ciertos RAS son indetectables a este nivel extremadamente bajo, lo que sería importante confirmar al decidir sobre los regímenes de retratamiento. Sin embargo, los datos del perfil de resistencia de la vida real basados ​​en NGS y las descripciones clínicas exhaustivas de los pacientes que fracasan en el tratamiento son muy escasos (Vermehren et al., 2016).

La adquisición de datos sobre RAS emergente en pacientes que fallaron la terapia de primera línea se consideró un componente esencial de la estrategia PEAHC para comprender las variables relacionadas con el virus asociadas con el fracaso del tratamiento y optimizar el manejo del VHC en nuestro entorno. Por lo tanto, el objetivo de este estudio fue caracterizar el perfil de resistencia de una gran cohorte de pacientes que fracasan en los tratamientos basados en AAD e investigar la relación entre el subtipo de VHC y el fracaso. Con este fin, se desarrolló en nuestro laboratorio un protocolo analítico específico utilizando tecnología NGS.

Conclusiones

En resumen, el análisis de NGS en una cohorte de pacientes infectados con VHC que fallaron en el tratamiento con AADs documentó una serie compleja de sustituciones de aminoácidos en proteínas dirigidas al tratamiento. El análisis mostró sustituciones específicas de subtipo y múltiples secuencias minoritarias alternativas en virus que sobrevivieron al tratamiento. Estos hallazgos en muestras clínicas de la vida real indican que las pruebas de resistencia a los medicamentos contra el VHC basadas en la secuenciación profunda antes del retratamiento podrían ser útiles para diseñar terapias de rescate, particularmente en casos difíciles de tratar. Las descripciones crecientes de RAS natural en pacientes sin tratamiento previo, así como RAS en regiones extra-objetivo, pide más estudios para comprender su significado clínico en relación con la terapia con AADs, y las pruebas NGS RAS también podrían ser útiles en este escenario. Finalmente, la inclusión de RAS puede ser un componente valioso en el esfuerzo mundial para eliminar la infección por el VHC como una amenaza para la salud pública, según lo recomendado por la Organización Mundial de la Salud (OMS)

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Fuente: sciencedirect.com

Referencia: https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2019.104694

Artículo traducido y adaptado por ASSCAT