La seqüenciació profunda revela àmplies mutacions específiques de subtipus de resistència al VHC associades amb el fracàs del tractament
Resum
Un percentatge de pacients infectats amb el virus de l’hepatitis C (VHC) fracassen en els règims de tractament basats en antivirals d’acció directa (AADs), sovint degut a les substitucions associades a la resistència als medicaments (RAS). L’objectiu d’aquest estudi va ser caracteritzar el perfil de resistència d’una gran cohort de pacients que van fracassar en els tractaments basats en AADs i investigar la relació entre el subtipus de VHC i el fracàs, com un ajut per optimitzar el maneig d’aquests pacients.
Es va dissenyar i aplicar un nou protocol de prova estandarditzat de VHC-RAS basat en seqüenciació profunda a 220 mostres prèviament subtipades de pacients que no rebien tractament amb AADs, recol·lectades en 39 hospitals espanyols. La majoria havien rebut règims lliures d’α d’interferó (IFN) basats en AADs. El 79% havia fallat la teràpia que contenia sofosbuvir. Les regions genòmiques que codifiquen la proteïna no estructural (NS) 3, NS5A i NS5B (regions objectiu AADs) es van analitzar usant cebadors específics de subtipus.
La distribució del subtipus viral va ser la següent: genotip (G) 1, 62,7%; G3a, 21,4%; G4d, 12,3%; G2, 1,8%; i infeccions mixtes 1,8%. En general, el 88,6% dels pacients portaven almenys 1 RAS, i el 19% portaven RAS a freqüències inferiors al 20% en l’espectre mutant. No va haver-hi diferències en la selecció de RAS entre tractaments amb i sense ribavirina. Independentment del tractament rebut, cada subtipus de VHC va mostrar tipus específics de RAS. És de destacar que no es van detectar RAS en les proteïnes objectiu del 18,6% dels pacients que van fallar el tractament, i el 30,4% dels pacients tenien RAS en proteïnes que no eren objectius dels inhibidors que van rebre.
Els pacients amb VHC que van fallar en la teràpia amb AADs van mostrar una gran diversitat de RAS. L’ús de ribavirina no va influir en el tipus o número de RAS en el fracàs. El patró específic de subtipus d’emergència de RAS subratlla la importància d’un subtipus de VHC precís. La freqüència de RAS “extra-objectiu” suggereix la necessitat d’una detecció de RAS en les tres regions objectiu d’AADs.
Introducció
La infecció crònica pel virus de l’hepatitis C (VHC) és la principal causa de morbiditat i mortalitat relacionades amb el fetge a tot el món. A Espanya, s’estima que el 0,5% de la població té infecció activa pel VHC (ARN del VHC en plasma), i l’1,1% té anticossos contra el VHC. L’Assemblea General de les Nacions Unides ha adoptat una resolució per combatre les 5 hepatitis virals, amb un enfoc particular en el VHB i el VHC (Polaris Observatory HCV Collaborators, 2017; Assemblea General de les Nacions Unides, 2017). D’acord amb aquest esforç, el Sistema Nacional de Salut espanyol va aprovar el Pla Estratègic per Combatre l’Hepatitis C (PEAHC, Pla Estratègic Nacional Contra l’Hepatitis C) al març del 2015, “per millorar la prevenció, el diagnòstic, el tractament i seguiment de pacients infectats pel VHC” (Ministeri de Salut, Serveis Socials i Igualtat, 2018). Segons dades actualitzades del Ministeri de Salut espanyol, prop de 130.000 pacients amb VHC crònics han estat tractats amb règims basats en antivirals d’acció directa (AADs) dins del Pla. Entre ells, el 95,5% ha assolit la curació virològica, mentre que el 4,5% ha fallat en el tractament amb AADs i està sota consideració pel retractament (Ministeri de Salut, Serveis Socials i Igualtat, 2019).
El fracàs del tractament s’ha associat amb la selecció de substitucions associades a la resistència (RAS) en el genoma viral que confereixen susceptibilitat disminuïda als AAD, generen resistència creuada amb altres inhibidors de la mateixa classe i fan que els tractaments de rescat siguin més costosos i difusos (Buti et al., 2015; Dietz et al., 2018; EASL, 2018; Lontok et al., 2015; Sarrazin, 2016; Vermehren i Sarrazin, 2012; Kanda et al., 2017; Sorbo et al., 2018). Les estratègies de retractament es veuen particularment obstaculitzades en casos de resistència a múltiples fàrmacs, el que desafia la possibilitat de canviar la classe d’AADs.
Després del fracàs del tractament, el RAS en la proteïna no estructural (NS) 3 sovint es torna indetectable en els mesos posteriors a la interrupció del tractament, mentre que el NS5A RAS pot persistir durant anys (Sarrazin, 2016). El NS5A RAS té un impacte negatiu en el resultat del retractament en pacients amb experiència en inhibidors de NS5A (Lawitz et al., 2015; Sarrazin et al., 2016) i altres RAS emergents en la població viral també pot tenir un efecte nociu. Per tant, les pautes actuals estableixen que les proves de resistència poden ser útils per guiar el retractament en fallides amb AADs d’acord amb el perfil de resistència observat (EASL, 2018; AASLD, 2017). El RAS es pot detectar en mostres clíniques usant seqüenciació de població (Sanger) o seqüenciació profunda amb tècniques de propera generació.
En un estudi recent que va incloure a 626 pacients europeus amb experiència en AADs, els RAS més importants associats amb el fracàs del tractament es van detectar en els subtipus de genotip (G) 1, G1a y G1b, i en G2, G3 i G4 (Dietz et al., 2018). En un altre estudi, Di Maio et al. va investigar a 200 pacients que no van respondre amb infecció per G1a, G1b, G1g, G2c, G3a i G4, i va identificar RAS extra-objectiu en el 9% de les mostres. Un notable 57,1% d’aquells que no van respondre tenien un genotip mal classificat (Di Maio et al., 2017). Si bé aquests estudis proporcionen informació valuosa, es van realitzar mitjançant la seqüenciació de Sanger, que té una sensibilitat relativament baixa; RAS (observat com a pics mixtos) ha d’estar present en freqüències d’almenys 15%-20% en la població viral. Això pot ser una limitació per planificar les opcions de retractament, ja que s’ha demostrat que fins i tot els RAS presents en freqüències inferiors al 15% poden seleccionar-se i emergir com a variants majoritàries després del tractament (Perales et al., 2018).
El treball previ ha demostrat que s’ha d’assolir una cobertura mínima de 10.000 lectures (seqüències) per amplicó per identificar mutants minoritaris presents com almenys l’1% de la població viral (Gregori et al., 2013). La seqüenciació de propera generació (NGS) té la capacitat de determinar si certs RAS són indetectables a aquest nivell extremadament baix, el que seria important confirmar al decidir sobre els règims de retractament. Tanmateix, les dades del perfil de resistència de la vida real basats en NGS i les descripcions clíniques exhaustives dels pacients que fracassen en el tractament són molt escassos (Vermehren et al., 2016).
L’adquisició de dades sobre RAS emergent en pacients que van fallar la teràpia de primera línia es va considerar un component essencial de l’estratègia PEAHC per comprendre les variables relacionades amb el virus associades amb el fracàs del tractament i optimitzar el maneig del VHC en el nostre entorn. Per tant, l’objectiu d’aquest estudi va ser caracteritzar el perfil de resistència d’una gran cohort de pacients que fracassen en els tractaments basats en AAD i investigar la relació entre el subtipus de VHC i el fracàs. Amb aquesta finalitat, es va desenvolupar al nostre laboratori un protocol analític específic utilitzant tecnologia NGS.
Conclusions
En resum, l’anàlisi de NGS en una cohort de pacients infectats amb VHC que van fallar en el tractament amb AADs va documentar una sèrie complexa de substitucions d’aminoàcids en proteïnes dirigides al tractament. L’anàlisi va mostrar substitucions específiques de subtipus i múltiples seqüències minoritàries alternatives en virus que van sobreviure al tractament. Aquests descobriments en mostres clíniques de la vida real indiquen que les proves de resistència als medicaments contra el VHC basades en la seqüenciació profunda abans del retractament podrien ser útils per dissenyar teràpies de rescat, particularment en casos difícils de tractar. Les descripcions creixents de RAS natural en pacients sense tractament previ, així com RAS en regions extra-objectiu, demana més estudis per comprendre el seu significat clínic en relació amb la teràpia amb AADs, i les proves NGS RAS també podrien ser útils en aquest escenari. Finalment, la inclusió de RAS pot ser un component valuós en l’esforç mundial per eliminar la infecció pel VHC com una amenaça per a la salut pública, segons el recomanat per l’Organització Mundial de la Salut (OMS).
Per descarregar l’article complet en PDF, cliqueu aquí.
Font: sciencedirect.com
Referència: https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2019.104694
Article traduït i adaptat per l’ASSCAT
