La hepatitis C crónica se asocia muy a menudo a manifestaciones de lesiones extrahepáticas por el  VHC, generalmente a través de un mecanismo inmmunitario. Algunas, las más frecuentes, son fáciles de reconocer, como la crioglobulinémia mixta que cursa con vasculitis de vasos pequeños, o la glomerulonefritis membranoproliferativa que cursa con un aumento de la creatinina sérica y hipertensión arterial. A veces esta manifestación extrahepática es la primera que se detecta, cuando la hepatitis había pasado desapercibida.

Altres manifestacions extrahepàtiques associades a la infecció pel VHC són:

Púrpura trombocitopénica
Síndrome antifosfolipídica
Fibrosis pulmonar idiopática
Alteración de las glándulas salivales y lacrimales (síndrome de Sjögren)
Liquen plano
Porfíria cutánea tardía
Fibromiálgia

Aunque no se ha establecido un vínculo directo entre la fibromialgia y la hepatitis C, hay más personas que tienen fibromialgia entre la población con hepatitis C que entre la población general. La hepatitis C y la fibromialgia comparten muchos síntomas, como la fatiga y los dolores musculares y articulatorios.