Detectius moleculars: aquests genetistes rastregen la pista del coronavirus a Espanya

24/04/2020 | Notícies de premsa

Ja hi ha 150 seqüències de SARS-CoV-2 de pacients a Espanya. La més antiga es va obtenir d’un pacient el 25 de febrer, a Madrid. El 26 es va prendre una altra mostra a València.

Comparant aquestes i d’altres centenars es sabrà no només com va arribar el virus, sinó si funcionen les mesures de contenció o si el virus s’està tornant més agressiu. Per ara no es veu cap canvi.

El genetista Fernando González Candelas pot incloure en el seu CV la resolució d’un crim. Va ser gairebé fa quinze anys. El 2006 ell i el seu col·lega Andrés Moya van determinar que l’anestesista Juan Maeso havia contagiat el virus de l’hepatitis C a almenys 275 persones, i van ajudar així a tancar un llarguíssim procés judicial.

Per a González Candelas, que va desgranar els detalls tècnics del cas en una publicació científica, va ser “probablement un dels casos més complexes d’aplicació de la teoria evolutiva en una perícia forense”. Maeso va ser condemnat a gairebé 2.000 anys de presó.

Sí, la genètica evolutiva resol crims. També és la peça de coneixement en què es basen centenars d’investigadors a tot el món per entendre ara, en l’actual pandèmia, com es dispersa pel món el coronavirus i com està canviant en el procés.

Comparant les seqüències genètiques de virus aïllats en diverses parts i moments es veu en la seva evolució: com, quan i on ha anat mutant. Les mutacions revelen els llinatges i acaben mostrant la genealogia dels virus analitzats.

En el cas Maeso aquest tipus d’estudi va desvelar que el virus de l’anestesista era el ‘pare’ dels virus de la resta d’afectats, i ara la comparació de seqüències permet seguir el rastre genètic de la colonització del planeta per part del coronavirus.

No només això. També és una investigació crucial per saber, per exemple, si s’està tornant més o menys agressiu. Quelcom sobre el que (avança ja González Candelas) no hi ha, per ara, cap evidència.

Els racons amagats dels coronavirus espanyols

Aquest investigador de la Universitat de València i del FISABIO (Fundació pel Foment de la Investigació Sanitària i Biomèdica (FISABIO) de la Generalitat Valenciana), pioner en la introducció a Espanya de l’epidemiologia molecular com a eina de salut pública, va ser el primer en seqüenciar coronavirus de pacients espanyols, el 10 de març.

Ara hi ha ja unes 150 seqüències ‘espanyoles’, que els investigadors publiquen en bases de dades internacionals d’accés públic. La informació en aquests reposadors serveix per elaborar els arbres genealògics de la plataforma NextStrain, un projecte de codi obert que (expliquen els seus responsables en el seu web) pretén aprofitar “el potencial científic i per a la salut pública” de l’anàlisi del genoma de patògens.

NextStrain compta ja amb gairebé 4.000 seqüències del coronavirus SARS-CoV-2, i “cada dia s’afegeixen diversos centenars de seqüències més”, explica l’últim informe d’aquesta plataforma.

La més antiga de les espanyoles es va obtenir d’un pacient el 25 de febrer, a l’hospital La Paz de Madrid, i va ser seqüenciada a l’Institut de Salut Carlos III. Li segueix una altra mostra del 26 de febrer a València, analitzada per González Candelas.

Hi ha a NextStrain 30 seqüències més de Madrid; 2 de Barcelona; 4 del País Basc; 1 de Canàries; 1 Catalunya; 2 Castella-La Manxa; 4 Castella i Lleó; 99 de la Comunitat Valenciana; 1 de Galícia; 1 de La Rioja.

Evolució a Espanya

Tanmateix, aquestes seqüències encara no són suficients per traçar el mapa genètic de l’epidèmia a Espanya. Aquest és l’objectiu del projecte que acaba d’arrancar liderat per González Candelas i Iñaki Comas, de l’Institut de Biomedicina de València (IBV) del Consell Superior d’Investigacions Científiques (CSIC).

Esperen analitzar entre 3.000 i 4.000 mostres, procedents dels 40 hospitals de tot el país que també formen part de l’equip. Compten amb un pressupost de gairebé 750.000 euros que inclou finançament de la Fundació MAPFRE, informa el CSIC.

“Aspirem a que s’uneixin encara més hospitals”, diu González Candelas. “La col·laboració dels hospitals és essencial, la riquesa del projecte és entendre la propagació de la malaltia a escala nacional. El que nosaltres veiem és l’evolució del virus en la població. Seguim genèticament el moviment del virus: com es dispersa, quines mutacions apareixen”.

En els primers casos de València (d’on hi ha més informació), a finals de febrer, s’han identificat tres llinatges diferents, procedents del nord d’Itàlia. “Del que va passar més tard encara no tenim les anàlisis”, explica González Candelas, “i serà difícil aconseguir les dades per fer afirmacions rotundes”. Sí es veu ja que des de la meitat de març hi ha molts més llinatges, però “encara no sabem d’on procedeixen o amb qui es relacionen, perquè falta obtenir seqüències de moltes parts d’Espanya”.

Es pot veure també que el llinatge de la mostra de Madrid del 25 de febrer és diferent de les primeres de València. Està relacionat amb seqüències que han aparegut tant a Europa com a la Xina, “pel que no podem treure molt en clar”, diu el genetista del FISABIO.

Per tenir un dibuix real de l’evolució de l’epidèmia s’ha de superposar (metafòricament) el mapa genètic que mostra les seqüències amb el mapa de les dades epidemiològiques. Per això genetistes i epidemiòlegs treballen mà a mà.

“Sense la informació que aporten ells, per haver parlat amb les persones, és impossible fer afirmacions sobre d’on ve el virus, perquè no sabem si falten (no es disposa de) les seqüències d’on realment es va infectar aquesta persona, o si ho va fer on estan les seqüències que apareixen relacionades amb la seva”, diu González Candelas, que per ara col·labora amb epidemiòlegs de la Direcció General de Salut Pública de la Comunitat Valenciana.

Canvis en l’agressivitat

Al centenar de seqüències obtingudes a València es sumaran aviat “unes 700 més que estan en cua”, afirma l’investigador del FISABIO. De la seva anàlisi, i el de les milers que les segueixin, es podrà deduir l’efectivitat de les mesures de contenció quant a la dispersió del virus: “Si quan no hi ha mobilitat tenim seqüències que connecten províncies diferents, podem dir si hi ha molta intercomunicació o no”.

També es detectaran variacions en les propietats del coronavirus. Per ara cap llinatge es relaciona amb cap canvi, ni en la seva capacitat de contagi, ni de provocar una malaltia més greu.

Res d’això es veu tampoc en els milers de seqüències de tot el món, insisteix González Candelas, que adverteix que no és rara aquestes setmanes la publicació d’articles que no han estat sotmesos al procés habitual de revisió entre iguals, i que arriben a conclusions errònies.

Els grups de Comas i González Candelas sumen una vintena d’experts, sobretot genetistes i bioinformàtics. Amb els equips en els hospitals, en el projecte per analitzar la genètica de l’epidèmia treballaran en total un centenar de persones.

“Viatja tan ràpid com nosaltres”

El ritme de treball serà intens, sens dubte. Ja ho és. Normalment es triga poc més d’un dia en obtenir una seqüència, però quan hi ha tantes mostres els temps canvien. De fet, el grup està encara posant a punt l’estratègia més efectiva. Només un cop abans, en el mencionat cas Maeso, han hagut de lidiar amb un nombre tan alt.

Tot i així, voldrien que fossin encara més, fins a 20.000, i per això han sol·licitat finançament en la convocatòria de l’Institut de Salut Carlos III específica pel coronavirus. Així podrien incorporar informació genètica del desplegament de l’epidèmia a mesura que avança i idealment cobrir tot el seu desenvolupament temporal. “Hem demanat finançament pensant en un any, però ningú sap quant durarà això, clar”, comenta González Candelas.

Què és el que més li ha impactat de l’epidèmia fins ara? “La pràctica impossibilitat d’aturar-lo a les fronteres”, respon aquest investigador. “No hem pogut aturar-lo. Aquest virus es mou tan ràpid com nosaltres, i nosaltres ara globalment ens movem molt ràpid. Així està anant la pandèmia”.

 

Font: agenciasinc.es

Notícia traduïda per l’ASSCAT

24/04/2020

SEGUEIX-NOS A LES NOSTRES RRSS

PRÒXIMS ESDEVENIMENTS

No event found!

ET PODRIA INTERESSAR

Related Post