Degut a la seva alta taxa de mutació, el virus de l’hepatitis C (VHC) forma quasiespècies virals, classificades d’acord amb les regions altament variables de la proteïna de l’embolcall i de la proteïna 5B no estructural (NS5B). Com a resultat d’aquesta gran variabilitat genètica, s’han identificat set genotips i més de 67 subtipus.
La genotipificació del VHC és part de l’avaluació de pacients recent diagnosticats i sempre ha estat important per guiar el tractament. Tenint en compte que el genotip és un element clau en el tractament de pacients infectats amb el VHC, es recomana la determinació del genotip. La tècnica emprada amb més freqüència per genotipificar el VHC és la reacció en cadena de la polimerasa quantitativa en temps real (qRT-PCR).
Aquesta tècnica no pot proporcionar un genotip/subtipus precís per a moltes mostres.
Els microbiòlegs i els seus col·legues que treballen a la Universitat Catòlica de Lovaina (Brussel·les, Bèlgica) van desenvolupar un mètode intern amb l’objectiu d’identificar amb exactitud el genotip de totes les mostres. L’equip va analitzar 100 mostres de pacients infectats amb VHC mitjançant l’assaig VERSANT HCV Genotype 2.0 LiPA (Siemens Healthcare Diagnostics, Erlangen, Alemanya), un assaig que cobreix els tipus i subtipus freqüents de VHC. Posteriorment, es va realitzar la seqüenciació casera NS5B, 5’UTR i Core en aquestes mostres. Les seqüències obtingudes es van comparar amb el banc BLAST genòmic de VHC.
Els investigadors van informar que les mostres van poder ser caracteritzades per l’assaig VERSANT LiPA (vuit G1a, 17 G1b, sis G2, 11 G3, 13 G4 i 10 G6). No va ser possible discriminar entre G6 i G1 per l’assaig VERSANT LiPA per a vuit mostres i 27 tenien un genotip indeterminat. 41 mostres van ser seqüenciades per a les tres regions: NS5B, 5’UTR i Core. 23 mostres van ser seqüenciades per a dues regions: 5 ‘UTR i Core i 36 mostres van ser seqüenciades només per a NS5B. De les 100 mostres incloses, 64 mostres van ser analitzades per a la seqüenciació 5’UTR i Core i 79 mostres van ser analitzades per a la seqüenciació NS5B. La concordança general entre l’assaig VERSANT LiPA i la seqüenciació, va ser superior al 95%.
Els autors van concloure que l’alta variabilitat genètica del VHC fa que sigui un repte determinar correctament el genotip i els subtipus mitjançant assajos comercials. Per a les mostres indeterminades, es requereixen proves complementàries. Van descriure mètodes nous i originals de seqüenciació de les regions 5’UTR i Core per confirmar els genotips de VHC no discriminats per un assaig comercial, en particular mitjançant l’ús d’amplicons ja obtinguts per l’assaig de sonda en línia VERSANT HCV Genotype 2.0. L’estudi va ser publicat el 22 d’agost del 2019 a la revista BMC Infectious Diseases.
Font: labmedica.es
Notícia traduïda per l’ASSCAT
